Прачысценскі сабор у Вільні быў пабудаваны гетманам Канстанцінам Астрожскім у перыяд паміж 1514-1516 гг. на месцы аднайменнай царквы, заснаванай вялікім князем літоўскім Альгердам у XIV стагоддзі, асветленай саборам у 1416-ым годзе.
Прачысценскі сабор з'яўляўся галоўным праваслаўным храмам у Вялікім Княстве Літоўскім і застаўся такім нават пасля заснавання ўніяцкай царквы з 1596-га года.
Будынак мае ў плане амаль квадратную форму. Алтарная частка ля сабора-трохапсідная. Па кутах размешчаны чатыры вежы цыліндрычнай формы. Кампазіцыя завяршаецца купалам і сабор уяўляе з сябе крыжова-купальны чатырохвугольны трохапсідны храм з чатырма вежамі па кутах.
Нягледзячы на тое, што сабор неаднаразова рамантаваўся і абнаўляўся, яго Сучасны агульны выгляд не моцна адрозніваецца ад першапачатковага, аднак некаторыя адрозненні ўсё ж ёсць. З моманту свайго заснавання сабор меў чатыры вежы па кутах і з усходу заканчваўся трыма кананічнымі праваслаўнымі аспідамі, але не паўкруглымі, а гранёна-гатычнымі. Чатыры апорныя слупы ў інтэр'еры сімвалізавалі чатырох евангелістаў. Крок слупоў і сістэма перакрыццяў у плане складалі раўнаканцовы Грэчаскі крыж. Унутраны прастор храма асвятлялі характэрныя для готыкі выцягнутыя вокны. Яны былі зроблены ва ўсіх пралётах бакавых нефаў, а таксама ў кожнай грані алтарнай часткі.
За сваю доўгую гісторыю сабор не аднаразова гарэў. У 1612 годзе яго моцна пашкодзіў пажар, але ўжо да 1612 годзе ён быў адрамантаваны. Акрамя таго, Прачысценскі сабор гарэў у 1652-ым, 1716-ым, 1748-ым годзе. Пасля апошняга пажару сабор доўга пуставаў, і толькі толькі ў 1785 годзе яго адрамантавалі. У 1808 годзе ён быў прададзены Віленскаму ўніверсітэту. У 1810-ым годзе інтэр'ер сабора быў падзелены на два паверхі для размяшчэння універсітэцкага анатамічнага залы, бібліятэкі і вучэбнай аўдыторыі.
Прызначэнне сабора не аднаразова змянялася, пакуль зноў не было абноўлена ў 1864-1868-ым годзе па праекце архітэктараў А.і. Разанава Н.м. Чагіна, і асвечана па грыгарыянскаму стылю. У такім выглядзе сабор і дайшоў да нашых часоў. Пасля гэтага будынак капітальна рамантаваўся ў 1949-ым і 1957-ым і рэстаўраваўся ў 1980-ым годзе. Апошняя рэстаўрацыя была ў 1998 годзе, і на дадзены момант сабор з'яўляецца дзеючым храмам Праваслаўнай Царквы.