Нарадзіўся Стэфан Баторый 27 верасня 1533 года ў мястэчку Жыладзішомльё ў Трансільваніі, (сёння гэта горад Шымлеу-Сілваніяй, Румынія). Яго бацькам быў венгерскі ваявода Трансільваніі Іштван IV, а маці - Кацярына Тэлегдзі, якая з'яўлялася дачкой венгерскага кароннага падскарбія Стэфана Тэлегдзі. Бацькі далі хлопчыку імя Іштван, аднак у гісторыю ён увайшоў пад імем Стэфан у польскай транскрыпцыі. Радавым гербам у Баторыяў была выява трох кіпцюроў/зубоў дракона, у чырванёным полі - тры сярэбраныя правыя кліны. Легенда расказвае, што продак роду падахвоціўся забіць дракона, які пасяліўся на мясцовых балотах, і атрымаў за гэта замак і герб.
Бацькі Стэфана Баторыя, як прадстаўнікі венгерскага дваранства, пастараліся даць сыну добрую адукацыю. Першыя азы ваеннай навукі юнак спасцігаў пры двары Чэшскага і Венгерскага караля Фердынанда I. Затым разам з ім адправіўся ў Італію, дзе скончыў Падуанскі ўніверсітэт. Падчас навучання Стэфан цудоўна вывучыў латынь і пазней, менавіта на гэтай мове ён меў зносіны са шляхтай ВКЛ.
Ваюючы на баку Фердынанда I супраць турак, Баторый патрапіў у палон, з якога Фердынанд I адмовіўся яго выкупляць. Правёўшы некаторы час у палоне ў Туркаў яго вызвалілі, і ён вярнуўся на радзіму, дзе пайшоў на службу да князя Трансільваніі Іаана Жыгімонта Запольскага. Пасля яго па службе адправілі паслом да немцаў, дзе падчас пагаршэння адносін з Трансільваніяй, ён быў арыштаваны і правёў тры гады ў турме, чытаючы і вывучаючы там розныя кнігі па гісторыі і ваеннай справе.
Пасля вызвалення Стэфан вяртаецца на радзіму. У 1571 годзе ён становіцца князем Трансільваніі. У 1576 годзе ў няпростай палітычнай сітуацыі, калі Рэч Паспалітая з прычыны ўцёкаў Генрыха Валуа (каб паспець сесці на французскі трон), засталася фактычна без караля, Стэфан Баторый вылучае сваю кандыдатуру. І пры падтрымцы сярэдняй і дробнай польскай шляхты ён становіцца Вялікім князем Літоўскім і каралём польскім. Пры гэтым яму даводзіцца пагадзіцца з катэгарычнай умовай яго абрання на пасад, Стэфан абавязаны ажаніцца з Ганнай Ягелонкай, сястрой Жыгімонта II Аўгуста. Нявеста старэйшая за жаніха на 10 гадоў і на той момант ёй было 50 гадоў.
Далейшыя падзеі развіваюцца на фоне Лівонскай вайны, якая ідзе ў той час, прычым поспех на тым этапе спадарожнічаў Масковіі. Аднак з прыходам Баторыя сітуацыя мяняецца. Стэфану патрэбна моцнае войска, і ён пачынае трансфармацыю, прыцягваючы ў войска прафесійных вугорскіх, нямецкіх, швейцарскіх і іншых наймітаў. Ён заклікае таксама венгерскіх і югаслаўскіх коннікаў, званых рацамі, з якіх пасля і ўтвараецца элітная кавалерыя Каралеўства Польскага і Вялікага Княства Літоўскага, знакамітыя крылатыя гусары. Стэфан пераламаў зыход вайны на карысць ВКЛ. Яму ўдалося вызваліць захопленыя Масквой, усходнія землі Вялікага княства Літоўскага, а 30 жніўня 1579 года быў вызвалены ключавы горад усходніх межаў ВКЛ Полацк. Пасля Полацка вайна перайшла ўжо на тэрыторыю Маскоўскага княства.
Для Стэфана Баторыя гэта была яшчэ і асобасная вайна з Іванам Грозным. Ён слаў яму лісты, у якіх выкрываў рускага цара ў крыважэрнасці, у тым, што той усіх сваіх падданых знішчае і кіруе імі не як роўнымі сабе, а як быдлам. Да лістоў ён прыкладваў кнігі, якія выдаваліся ў Еўропе пра Івана Грознага, і ў адным з лістоў нават выклікаў цара на дуэль. Зразумела, Іван Грозны нічога не адказаў Баторыю. У адрозненне ад рускага цара Баторый асабіста ўдзельнічаў у ваенных паходах і аблогах гарадоў, і паводзіў сябе не як кароль, а як звычайны салдат, засынаючы ў паходнай пасцелі і выкарыстоўваючы замест каралеўскага крэсла простую паходную бочачку.
Пасля перамогі замест Вавельскага замка ў Кракаве Стэфан Баторый зноў вярнуўся ў Гродна, дзе перарабіў гарадскі замак пад рэзідэнцыю караля Рэчы Паспалітай. Адпаведна, увесь час пакуль ён жыў там, фактычнай сталіцай Рэчы Паспалітай быў Гродна.
Кароль заступаўся каталіцызму і ўсяляк падтрымліваў каталіцкае духавенства. Таму нядзіўна, што пры ім з'явілася шмат езуіцкіх школ, дзе рыхтавалі пісьменных выканаўцаў для шматлікіх рэформ. 1 красавіка 1579 года кароль выдаў прывілей, паводле якога езуіцкая калегія ў Вільні пераўтваралася ў Акадэмію і Віленскі ўніверсітэт. За пяць гадоў былі пабудаваны езуіцкія калегіумы ў Полацку, Нясвіжы, Любліне, Рызе, Калішы, Львове і Дэрпе. Яны былі б пабудаваны ў Гродне і Брэсце, але ў ордэна проста не хапіла рэсурсаў.
У 1582 годзе Стэфан Баторый увёў выкарыстанне грыгарыянскага календара, якім мы карыстаемся да гэтага часу (у Расіі ён быў уведзены толькі ў 1918 годзе).
Нягледзячы на сваё жаданне ўзмацніць каралеўскую ўладу, Баторый усё ж прытрымліваўся сваіх абяцанняў і правілаў. Так ён прызнаваў, што ВКЛ - гэта самастойная дзяржава ў складзе канфедэрацыі, а яшчэ ён не прызначаў палякаў ваяводамі і галоўнакамандуючымі ў войска ВКЛ.
Хутчэй за ўсё Баторый рыхтаваўся да новай вайны з Маскоўскім княствам, бо хацеў вярнуць страчаныя раней межы ВКЛ. Нечаканая смерць перашкодзіла планам. 12 снежня 1586 г. ён памёр у сваім каралеўскім замку ў Гродне. Каб высветліць прычыну смерці караля, урачы правялі першае ва Усходняй Еўропе анатамічнае ўскрыццё. Чыннікі так і не былі ўсталяваныя, але хутчэй за ўсё памёр кароль ад цырозу печані, паколькі ўжываў занадта шмат віна. Стэфана Баторыя пахавалі ў Гродне, але затым яго рэшткі перапахавалі ў Кракаўскім Вавельскім замку. Імя Стэфана Баторыя адзін час насіў універсітэт у Вільні, а вось цэнтральныя вуліцы ў Вільні і Гродне да гэтага часу называюцца ў яго гонар.
