Ян Казімір Ваза нарадзіўся 22 сакавіка 1609 года ў сям'і караля Рэчы Паспалітай Жыгімонта ІІІ Вазы і яго жонкі Канстанцыі Аўстрыйскай. Выхоўваўся ён манахамі езуітамі, адсюль і заўзятая прыхільнасць каталіцызму на працягу ўсяго жыцця. Агульная адукацыя будучага манарха поўнасцю адпавядала яго высокаму статусу.
Будучы другім малодшым сынам Жыгімонта III, Ян Казімір знаходзіўся ў цені свайго старэйшага брата Уладзіслава IV. Аднак ён падтрымаў брата, калі той, пасля смерці іх бацькі, стаў каралём Рэчы Паспалітай. Разам з Уладзіславам ён адправіўся ў ваенны паход для вызвалення ад маскоўскай аблогі Смаленска ў 1633 годзе.
Пасля Смаленскай вайны Ян II Казімір Ваза вырашае, што пры двары брата рабіць яму няма чаго, і ў 1635 годзе адпраўляецца ў Вену, дзе атрымлівае званне імператарскага палкоўніка, і пазней, у гэтым званні прымае ўдзел у трыццацігадовай вайне, ваюючы на франка-германскай мяжы.
У 1638 годзе Ян Казімір адпраўляецца ў Іспанію, каб стаць іспанскім адміралам і намеснікам у Партугаліі. У той час Францыя знаходзілася ў стане вайны з Іспаніяй. Ян Казімір жа па неасцярожнасці спыняўся ў французскіх партах. У выніку ў маі 1638 года ён быў арыштаваны французамі. Яго спачатку трымалі ў турме горада Салоне, потым у турме горада Сістэрона, а затым Багуслаў Радзівіл, які ў той час быў у Францыі, папрасіў у Людовіка XIII лепшых умоў для асобы каралеўскай крыві. І Яна Казіміра перавялі ў прыгарад Парыжа Вінсенне. Выпусцілі яго адтуль у 1640 годзе, за абяцанне Уладзіслава IV не ўдзельнічаць у трыццацігадовай вайне.
Вярнуўшыся ў Рэч Паспалітую, Ян Казімір, пасля ўсіх жыццёвых перыпетый, вырашыў адправіцца ў Італію і прыняць пострыг. У 1643 годзе ён уступіў у ордэн езуітаў і застаўся служыць у іх манастыры ў горадзе Ларэта. Праз два гады ён ужо на пасадзе кардынала-дыякана, дзукетта. Аднак Яну Казіміру гэтага было мала, яму вельмі хацелася атрымаць яшчэ і права карыстацца тытулам князя і мець на сваім гербе карону. Правілы каталіцкай царквы не дазвалялі падобных свавольстваў, і Ян Казімір сыходзіць з езуіцкага ордэна, вярнуўшыся ў 1646 годзе на радзіму.
20 траўня 1648 года памірае брат Яна Казіміра кароль Рэчы Паспалітай Уладзіслаў IV. І 20 лістапада 1648 года яго абіраюць Вялікім князем Літоўскім і каралём Польскім. У спадчыну яму таксама дасталася і жонка старэйшага брата Марыя Луіза Ганзага, якая пагадзілася выйсці за яго і ў выніку стала яго апорай, якая аказвае на яго моцны ўплыў. Ён узышоў на пасад Рэчы Паспалітай у вельмі цяжкі час для краіны. Ішла грамадзянская вайна з казакамі пад кіраўніцтвам Багдана Хмяльніцкага. У гэтай вайне кароль асабіста прыняў удзел. У 1649 годзе ён са сваім войскам адправіўся пад Збораў, дзе пасля нядоўгіх баёў было падпісана Збароўскае пагадненне. Затым са сваім войскам Ян Казімір атрымаў перамогу над казакамі і татарамі ў бітве пад Берасцечкам у 1651 годзе.
Праз тры гады пасля паўстання Хмяльніцкага ў 1654 годзе, Маскоўскае царства аб'явіла вайну Рэчы Паспалітай і імкліва пачало захопліваць усходнія землі Вялікага княства Літоўскага. Казакі падтрымалі Маскву ў гэтым набегу і ўдарылі з поўдня. Амаль адначасова Швецыя аб'явіла вайну Рэчы Паспалітай, паколькі не жадала поспеху Маскоўскаму царству і была зацікаўлена, не ўступаючы ў адкрытую канфрантацыю з Расіяй, у кантролі тэрыторый, якія яе цікавілі.
Войскі Рэчы Паспалітай аказаліся не здольныя аказаць супраціўленне, і 8 верасня 1655 года шведскія войскі занялі Варшаву, а затым і Кракаў. Шведы таксама захапілі і паўночныя тэрыторыі Літвы, у выніку Янушу Радзівілу з Баляславам Радзівілам прыйшлося заключыць Кейданскую унію. Яну Казіміру прыйшлося бегчы ў аўстрыйскую Сілезію.
Знаходзячыся ў выгнанні, Ян Казмір сабраўся адрачыся ад прастола, але жонка пераканала яго не рабіць гэтага. Неўзабаве народ Рэчы Паспалітай, змучаны рабаваннем і зверствамі захопнікаў, узняўся на барацьбу. Па ўсёй тэрыторыі пачалі з'яўляцца партызанскія атрады. Ян Казімір вырашае ўзначаліць гэтую барацьбу супраць шведаў. І неўзабаве шведы былі выгнаны з краіны. Пасля чаго Ян Казімір змог ужо поўнасцю пераключыцца на вайну з Маскоўскім царствам, перайсці ў наступленне і аднавіць кантроль над сваімі землямі. У 1667 годзе гэтая вайна скончылася, і хоць Рэч Паспалітая была моцна аслаблена і панесла некаторыя тэрытарыяльныя страты, усё ж ворагам яе захапіць і знішчыць не ўдалося.
10 траўня 1667 года памірае жонка Яна Казіміра Марыя Луіза Ганзага. Акрыяць ад гэтай страты кароль не змог, і 16 верасня 1668 года ён зракаецца пасаду. 30 красавіка 1669 года Ян Казімір з'ехаў у Францыю ў Невер, там, дзе ўпершыню сустрэў сваю жонку. Атрымаўшы ва ўпраўленне прыбытковае парыжскае абацтва Сен-Жэрмэн-дэ-Прэ, ён нядоўга яшчэ пражыў. Ян Казімір Ваза памёр 16 снежня 1672 года, хутчэй за ўсё ад інсульту. Яго пахавалі ў Вавельскім саборы 31 студзеня 1676 года, а сэрца караля пахавалі ў абацтве Сен-Жэрмэн-дэ-Прэ.
