Калі нарадзіўся Ян Казімір Сапега дакладна не вядома, ёсць толькі прыблізная дата 1672 г., і яна магчыма не дакладная, бо ўжо ў 1682 г. ён быў прызначаны старастам Бабруйскім. Ён належаў да роду Сапегаў з чарэйска-ружанскай ліні, яго бацькам быў Францішак Стэфан, які займаў пасаду вялікага канюшага літоўскага, а маці была Ганна Крысціна Любамірская.
Што да адукацыі Яна Казіміра Сапегі, то ён з пачатку навучаўся ў Варшаве, гэта было ў 1685 годзе, а затым да 1692 года ў Браневе. Пасля вучобы Сапега адправіўся ў падарожжа па Еўропе і пабываў у такіх краінах як: Англія, Францыя і Галандыя. Вярнуўся Ян Казімір з Еўропы ў 1697 годзе, і ў гэты ж год яго абралі паслом ад Берасцейскага ваяводства на сейм.
У 1696 годзе ў ВКЛ пачалася грамадзянская вайна паміж Сапегамі і рэспубліканцамі на чале з Пацамі, Радзівіламі, Агінскімі і Вішнявецкім. Апошнія выступалі супраць дамінавання Сапегаў ва ўладзе. Аднак Ян Казімір Сапега ў гэтай вайне не ўдзельнічаў і таму пасля паражэння ў бітве пад Алькенікамі і пройгрышу вайны Сапегамі не падвергся рэпрэсіям.
У 1703 годзе Сапега ўзначаліў канфедэрацыю супраць шведаў у Вялікай Польшчы, затым у 1704 годзе канфедэрацыю ў Варшаве супраць караля Рэчы Паспалітай Аўгуста Моцнага, мэтай якой было зрынуць Аўгуста і абраць каралём Станіслава Ляшчынскага. У гэтым жа 1704 годзе прайграў расейскім войскам у бітве пад Шкудамі. У 1705 годзе ён удзельнічае ў суправаджэнні львоўскага арцыбіскупа ў Варшаву для каранацыі на пасад Рэчы Паспалітай Станісалава Ляшчынскага.
У 1708 годзе Сапега быў прызначаны на пасаду вялікага гетмана літоўскага, і на гэтай пасадзе 12 красавіка 1709 года выйграў бітву у прыхільніка Аўгуста Моцнага гетмана польнага Г. А. Агінскага пад Ляхавічамі. Аднак, 13 мая 1709 года войскі Спегі былі разбіты рускай арміяй каля Лідухова.
Пасля паражэння шведаў пад Палтавай, Станіслаў Ляшчынскі быў зрынуты і каралём Рэчы Паспалітай зноў становіцца Аўгуст Моцны. Ян Казімір Сапега прызнаў Аўгуста і быў ім памілаваны, аднак булавы вялікага гетмана ён быў пазбаўлены. У 1711 годзе Сапега зноў выступіў супраць Аўгуста Моцнага і зноў быў памілаваны. У 1716 годзе ён у чарговы раз удзельнічае ў Віленскай канфедэрацыі супраць Аўгуста.
У 1721 годзе Ян Сапега прыязджае ў Санкт-Пецярбург на заручыны свайго сына Пятра з Марыяй Аляксандраўнай Меньшыкавай, дачкой А. Д. Меншыкава, і застаецца ў Расіі пры двары Кацярыны I да 1728 года. За гэты перыяд ён атрымаў званне генерал-фельдмаршала, за тое, што знайшоў і прывёз з Рэчы Паспалітай сястру і брата імператрыцы. Таксама яго ўзнагародзілі ордэнам Святога Аляксандра Неўскага і ордэнам Святога Апостала Андрэя Першазванага.
Аднак, пасля смерці Кацярыны I Ян Казімір Сапега вяртаецца ў Вялікае княства Літоўскае, каб падтрымаць свой род у барацьбе за ўладу ў ВКЛ, але атрымалася ў яго гэта без асаблівых поспехаў, і ён памірае 22 лютага 1730 года па-ранейшаму застаючыся праціўнікам Аўгуста II.