Ян Пётр Сапега, прадстаўнік чарэйска-ружанскай лініі роду Сапегаў герба «Ліс», нарадзіўся ў 1569 годзе ў сям'і Паўла Сапегі і Ганны Хадкевіч, прыходзіўся стрыечным братам канцлеру ВКЛ Льву Сапегу. Паводле адных звестак Ян Сапега нарадзіўся ў Магілёве, паводле іншых у Быхаве.
Будучы членам аднаго з самых магутных магнацкіх родаў у Літве, ён атрымаў адпаведную адукацыю. Да 1587 года Ян Сапега вучыўся ў Віленскай акадэміі, потым працягнуў вучобу ў Падуанскім універсітэце. Выбар быў зроблены на карысць ваеннай прафесіі.
Першы баявы досвед Ян Пётр Сапега атрымаў у 1595-ым годзе ў баях з крымскімі татарамі і валахамі падчас малдаўскіх войн. Затым прыняў удзел у вайне Рэчы Паспалітай са шведскім каралеўствам. І 7 студзеня 1601 года перамог у знакамітай бітве пад Вендэнам. Праз паўгода ён ледзь не загінуў у бітве пад Какенгаўзенам. А праз два гады ўдзельнічаў у разгроме шведаў пад Ракверы (Эстонія) і ва ўзяцці Дэрпта (сёння Тарту, Эстонія). Падчас бітвы пад Кірхгольмам камандаваў правым крылом Яна Карла Хадкевіча, гусарскімі і пяцігорскімі харугвамі, якімі і ўдарыў па выманеных са сваіх пазіцый шведскім рэйтарам. Здолеў выстаяць супраць флангавага ўдару шведскіх вершнікаў, накіраваных Карлам IX з апошняга свайго рэзерву. І менавіта дзякуючы стойкасці воінаў Сапегі, у Яна Хадкевіча з'явілася магчымасць адправіць у абыход ворага адно са сваіх ваенных падраздзяленняў, якое і ўдарыла па аголеным флангу шведаў. За свае ваенныя заслугі Ян Пётр Сапега ў 1606 годзе ад караля Рэчы Паспалітай атрымаў ва ўладанне горад Усвят.
Сапега быў таксама ўдзельнікам Брэсцкай канфедэрацыі, якая ўтварылася з-за даўгоў па абяцаным жалаванні войска. Улетку 1607-га года, падчас паўстання супраць караля Рэчы Паспалітай Жыгімонта III, які ўзначальваў шляхціц Зебжыдоўскі, стаў на бок кароны. Камандуючы гусарскай і казацкай харугвай, прыняў удзел у разгроме паўстанцаў у бітве пад Гузавым.
Атрымаўшы адабрэнне свайго стрыечнага брата канцлера ВКЛ Льва Сапегі і супраць волі караля Рэчы Паспалітай, Ян Пётр Сапега прапанаваў сваю дапамогу Лжэдзмітрыю II у авалоданні Маскоўскім тронам. Сабраўшы добра падрыхтаванае двухтысячнае войска ў ліпені 1608-га года, ён перайшоў літоўска-маскоўскую мяжу.
Узяўшы Вязьму, сустрэўшы Марыну Мнішак з яе бацькам, Ян Пётр Сапега ўрачыста ўвёў іх у Тушына да Ілжэдзмітрыя II. У кастрычніку 1608-га года разбіў трыццаці тысячнае войска Івана Шуйскага пад Рохманавым, колькасць ворага пры гэтым у два разы была большая. Падчас гэтай бітвы, пасля двух няўдалых нападаў, Сапега быў паранены куляй у галаву, аднак са словамі: «Айчына далёка. Выратаванне і гонар - наперадзе, а за спіною - сорам і пагібель», - зноў павёў наперад свае войскі. Войскі Шуйскага не вытрымалі гэтага націску і пабеглі.
16 месяцаў ён трымаў у аблозе Троіца-Сергіеў манастыр. Падпарадкаваў Замаскварэцкі край. У лютым 1610-га года ўзяў Дзмітраў. Праз месяц пацярпеў паражэнне ад маскоўскага-шведскага войска пад камандаваннем Скопіна-Шуйскага. Аднак гэта паражэнне не перашкодзіла яму летам 1610 года ісці на Маскву, яго ж воіны аб'явілі Сапегу сваім гетманам. Па прыбыцці ў Маскву, дзе ўжо ўсталявалася сямібаяршчына, ён вёў перамовы аб перадачы ўлады Ілжэдзмітрыю II.
Улетку 1611-га года Сапега працягнуў ваенныя дзеянні і заняў Аляксандраву Слабаду, затым абклаў Пераслаўль-Залескі і штурмам узяў Белы горад у Маскве. Гэта была яго апошняя перамога.
Ян Пётр Сапега памёр ад хваробы ў Крамлі. Яго пахавалі ў Ляпунах Гродзенскага павета (сёння Лепоніс, Літоўская рэспубліка). Ад сваёй жонкі Сафіі Вейхер меў дачку Сюзану Сафію і сыноў Андрэя Станіслава, Яна, Фларыяна, Паўла Яна – будучага вялікага гетмана ВКЛ. Пасля сябе пакінуў дзённік, які вёў падчас свайго паходу на Маскву, зараз дакумент знаходзіцца ў дзяржаўным архіве Швецыі ў Стакгольме.
