Януш Кішка нарадзіўся каля 1586-га года ў сям'і старасты жамойцкага Станіслава III Кішкі і Эльжбеты Сапегі. Да 1603-га года ён вучыўся ў Віленскай акадэміі, менавіта ў гэты перыяд навучання Януш мяняе веравызнанне, пераходзячы з кальвінізму ў каталіцтва. У 1604 годзе пачаў ваенную службу пад камандаваннем Яна Карла Хадкевіча падчас вайны Рэчы Паспалітай са Швецыяй. Удзельнічаў у бітве пад Кіргхгольмам на чале ўласнага атрада ў валанцёрскай харугве.
1 красавіка 1609 года ўзначальваючы гусарскую харугву, Януш Кішка прымае ўдзел ва ўзяцці Пярнавы (сёння Пярну, Эстонія). Прайшоўшы 200 км за 6 дзён па лясах і бездарожы, i Калі войскі падабраліся да горада, салдатам нават не дазволілі развесці вогнішчы, каб сагрэцца (справа была ў лютым). Начны штурм стаў поўнай нечаканасцю для шведаў, супраціўляцца было бескарысна. Пасля вызвалення горада Януш Кішка застаўся ў гарадскім гарнізоне і атрымаў пасаду старасты Пярнавы.
У войсках пад камандаваннем Яна Карла Хадкевіча ў 1611-ым годзе, на чале лівонскага палка, Януш удзельнічаў у паходзе на Маскву падчас вайны Рэчы Паспалітай з Маскоўскім царствам. Ім было разбіта магутнае маскоўскае войска, якое ішло на дапамогу абложанаму Смаленску. Разам з Лісоўскім здзейсніў рэйд да Старадуба (цяпер горад у Бранскай вобласці, Расія) у 1615 годзе. У 1618 годзе ён зноў удзельнічае ў паходзе на Маскву на гэты раз у складзе войскаў Уладзіслава IV. У 1621 змагаўся ў бітве пад Хоцінам на чале ўласнай харугвы. Па вяртанні з Хоціма адразу ж быў прызначаны ваяводам Полацкім.
У наступным 1622 годзе пад камандаваннем Хрыстафора Радзівіла Януш Кішка ваяваў супраць шведаў у Лівоніі. Летам гэтага ж года на чале гусараў вызначыўся ў баях пад Мітавай (цяпер Елгава, Латвія).
Падчас мірнага дзесяцігоддзя Януш Кішка вучыцца ў Падуанскім універсітэце ў Італіі і наводзіць парадак у сваім маёнтку ў мястэчку Крывічы Ашмянскага павета. У час чарговай вайны з Масквой у 1633 годзе на ўласныя грошы ён наймае 100 казакоў. Зімой гэтага ж года абараняе Полацак ад маскоўскіх войскаў пад камандаваннем ваяводы Міхаіла Шэйна. Таксама ён прыняў удзел у пераможных баях пад Смаленскам. Пасля вайны ў 1635 годзе каралём Рэчы Паспалітай Януш быў назначаны Польным гетманам Літоўскім.
У 1640 годзе Януш Кішка прымае пасаду старасты Дрысы (сёння Верхнядзвінск, Віцебская вобласць, Беларусь). А 17 ліпеня 1646 г. Уладзіслаў IV, кароль Рэчы Паспалітай, нягледзячы на цяжкую хваробу Януша прызначае яго Вялікім Гетманам Літоўскім. Роўна праз два гады пачынаецца паўстанне Багдана Хмяльніцкага, аднак з-за сваёй хваробы, Кішка не можа паўнавартасна ўдзельнічаць у падаўленні мецяжу. Фактычна вёў тады войска Януш Радзівіл.
Януш Кішка памёр 13 студзеня 1654 года ў сваім маёнтку ў Крывічах (сёння Мядзельскі раён, Мінская вобласць, Беларусь). Ён быў жанаты на Крысціне Друцкай-Сакалінскай, але дзяцей у іх не было. За сваё жыццё паспеў заснаваць два каталіцкія касцёлы: першы ў 1620 годзе - касцёл Панны Марыі Ружанцовай (інакш касцёл Найсвяцейшай Панны Марыі Ружанцовыя) у мястэчку Солы Ашмянскага павета (сёння аграгарадок у Гродзенскай вобласці, Беларусь) і другі ў 1643 годзе - касцёл Панны Марыі ў вёсцы Будслаў (Мядзельскі раён, Мінская вобласць, Беларусь).
