З паўстання Багдана Хмяльніцкага ў Рэчы Паспалітай пачынаецца так званы «Патоп», калі на працягу некалькіх дзясяткаў гадоў чалавечая кроў лілася ракой, а Рэч Паспалітая змагалася з магутнымі суседзямі за сваё існаванне, адначасова на два, а то і тры бакі.
Паўстанне Багдана Хмяльніцкага
20 мая 1648 года памірае кароль Рэчы ПаспалітайУладзіслаў ваза, і пакуль сейм выбіраў новага караля, Багдан Хмяльніцкі заваяваў усю левабярэжную Украіну. Праз 6 месяцаў 20 лістапада 1648 года новым каралём Польшчы і Вялікага княства Літоўскага, стаў малодшы брат памерлага караля Уладзіслава Ян II Казімір Ваза, які заключыў з Хмяльніцкім перамір'е.
Каб адцягнуць наступленне войскаў Літвы, ён спрабуе перанесці ваенныя дзеянне на тэрыторыю ВКЛ і ў 1648 годзе пасылае на Палессе і Прыдняпроўе, казацкія загоны Галавацкага, Небабы, Крывашапкі, Гаркушы, Паддубскага і іншых, якія рабавалі і палілі шляхецкія маёнткі, фінансавыя дакументы, забівалі каталіцкіх святароў і манахаў. Да казакоў далучаліся сяляне і дробная шляхта. Войскі казакоў захапілі: Гомель, Брагін, Лоеў, Пінск, Мазыр, Тураў, Бабруйск.
У канцы 1648 года каля Бярэсця, пад камандаванне польнага гетмана Януша Радзівіла, было сабрана войска ВКЛ. Радзівіл павёў свае войска, уздоўж Прыпяці вызваліўшы Тураў, Мазыр, Бабруйск, Рэчыцу. Увесну 1649 г. казацкія атрады Галоты, Падбайлы, Гаркушы, зноў уварваліся на тэрыторыю ВКЛ. Праз Дняпро пераправіўся вялікі атрад Крычэўскага, да якога далучыліся сяляне. У 1649 годзе пад Лоевам сялянска-казацкае войска было акружана, але з вялікімі стратамі часткі паўстанцаў удалося выйсці з акружэння, сам Крычэўскі загінуў на полі бою. У 1650 годзе ў паўднёвых раёнах ВКЛ адбываліся адзіночныя паўстанні сялян, а ў 1651 годзе сяляне ўзбунтаваліся ў раёне Мсціслаўля, Чачэрска, Прапойска, але без падтрымкі казакоў, яны былі хутка прыгнечаныя. У 1651 годзе Януш Радзівіл рушыў ва Украіну, і па дарозе ў Кіеў пад Лоевам, ён разбіў 15 тысячнае казацкае войска Небабы, неўзабаве Кіеў быў заняты войскамі ВКЛ. Бітвы ва Украіне яшчэ адбываліся ў 1652 і 1653 гадах, а ў кастрычніку 1653 года, земскі сабор у Маскве прыняў пастанову аб далучэнні левабярэжнай Украіне да Маскоўскага княства, якое было пацверджана Пераяслаўскай радай 18 студзеня 1654 года.
Вайна з Маскоўскім царствам
У гэтым жа 1654 годзе, 80 тысячнае Маскоўскае войска ўварвалася на тэрыторыю ВКЛ, пачалася 13-ці гадовая вайна Рэчы Паспалітай з Маскоўскім княствам. Маскоўскія войскі занялі Дарагабуж, Рослаў, Оршу, Шклоў, Мсціслаў, аблажылі і праз 3 месяцы ўзялі Смаленск і Дуброўну. Казакамі Златарэнкі былі ўзяты Гомель, Магілёў, Чачэрск, Новы Быхаў, і абклалі Стары Быхаў. На поўначы Беларусі, войскі Шарамецьева занялі Віцебск, Полацак, Дзісна, Невель, Усвят, Друю. Таксама Расейскія войскі наступалі ў Лівоніі і ва Ўкраіне разам з казакамі.
У канцы 1654 і пачатку 1655 г. войскі ВКЛ пад камандаваннем Я. Радзівіла, П.Я. Сапегі, А. Гасеўскага, Я. К. Глябовіча пачалі наступленне, яны знялі аблогу са Старога Быхава і вызвалілі Оршу, Дуброўну, Копысь і паспрабавалі вызваліць Магілёў.
Улетку 1655 г. Маскоўскія і казацкія войскі, правялі паспяховае наступленне і занялі ўсю цэнтральную і большую частку заходняй тэрыторыі ВКЛ. Зноў былі захоплены Орша, Дуброўна, Копысь, Мінск, Вільня, Барысаў, Коўна, а казакі занялі Разуменне. Не ўзяўшы Стары Быхаў і Слуцк, армія Трубяцкова прайшлася па цэнтральнай частцы ВКЛ, спаліўшы Клёцк, Слонім, Навагрудак. Ляхавічы, на зваротным шляху, аб'яднаўшыся з атрадам Залатарэнкі, яны зноў не змаглі ўзяць Слуцк, але спалі Нясвіж і Капыль. На поўдні атрады Валконскага спалілі Тураў, Пінск, Столін. Давыд-Гарадок. Падчас гэтых ваенных дзеянняў было знішчана і спалена дашчэнту, шмат гарадоў і вёсак, дзясяткі, а то і сотні тысяч жыхароў ВКЛ, былі забіты або сагнаны ў рабства, на ўсход, у Маскоўскае княства.
Вайна са шведцыяй
Тым жа летам 1655 года, яшчэ адна бяда прыпала на долю Рэчы Паспалітай, вону ёй аб'явіла Швецыя. Шведскі кароль Карл X са сваімі войскамі змог захапіць амаль усю Польшчу і Жамойцію. Крал X, прапанаваў заключыць маскоўскаму цару саюз і падзяліць Рэч Паспалітую, але цар адмовіўся ад прапановы шведаў, бо палічыў прапанаваны варыянт не прыдатным інтарэсам Масквы, тым больш што яна кантралявала большую частку земляў ВКЛ.
У такой бязвыхаднай сітуацыі Януш Радзівіл паспрабаваў хоць неяк захаваць сваю ўладу і дзяржаўнасць ВКЛ. Ён у 1655 годзе заключыў са шведамі Кейданскі дагавор аб уніі ВКЛ са Шведскім Каралеўствам, які прызнаваў Карла X, вялікім князем Літоўскім. Шляхце і каталіцкай царквы заставаліся раннія прывілеі. Частка шляхты выступала за Маскоўскага цара Аляксея Міхайлавіча, а іншая частка працягвала барацьбу са Шведамі і Масквой. Маскоўскі Цар, рыхтуючыся да вайны са Швецыяй, мусіў падпісаць Віленскае перамір'е з Рэччу Паспалітай у 1556 годзе. У гэты ж час паміж Швецыяй, Гетманскай Украінай, Трансільваніяй, Брандербугом і Прусіяй была падпісана Радноцкая дамова аб падзеле Рэчы Паспалітай, нават пачаліся ваенныя дзеянні, падчас якіх было захоплена Бярэсце, аднак у 1657 годзе гэты саюз распаўся.
Пасля Гадзяцкай дамовы, у 1658 годзе на бок Рэчы Паспалітай пераходзіць войска казакоў пад камандаваннем Івана Нячая. Яны вызвалілі частку ўсходніх земляў ВКЛ з гарадамі Быхаў, Мсціслаў, Чавусы, Рослаў і інш. 14 лютага 1659 года Маскоўскія войскі ўзялі Быхаў, дзе была стаўка Нячая. З гарнізонам жорстка расправіліся, а самога Нячая паланілі і саслалі ў Табольск.
Нягледзячы на тое, што восенню 1659 года ў ВКЛ прыйшло вялікае войска пад камандаваннем Хаванскага, якое захапіла Гродна, Бярэсце, і аблажыла ўмацаванне Сапегі –Ляхавічы, ход вайны ўжо быў павернуты ў бок Рэчы Паспалітай. Нараўне з партызанскім рухам, які біў невялікія маскоўскія атрады, як толькі яны выходзілі са сваіх умацаванняў і замкаў, Рэчы Пасолія атрымалася сабраць ваенныя сілы здольныя выбіць ворага з захопленых тэрыторый. Аб'яднаныя войскі ВКЛ пад камандаваннем Сапегі і Польскія войскі Чарнецкага, 28 чэрвеня 1660 года на рацэ Палонцы пад Ляхавічамі, разбілі Хаванскага. Воска Сапегі і Чарнецкага занялі Мінск і вызвалілі тэрыторыю ВКЛ на захад ад Бярэзіны. Хаванскі з рэшткамі войска быў яшчэ раз разбіты ў Чарэйскай бітве ў 1660 годзе і адступіў у Полацк.
Далей, 8 кастрычніка 1660 года, войскі Сапегі і Чарнецкага, каля горада Чавусы, сустрэлі войска Даўгарукава, і не дазволіла яму злучыцца з Хаванскім, Даўгарукі вымушаны быў адступіць да Смаленска. Вызваленчы рух усё больш нарастаў, да партызанаў і войскаў пачалі далучацца і гараджане, бо 11 лютага 1661 года Магілёўцы паднялі паўстанне і выразалі 3 тысячны гарнізон Маскоўскіх стральцоў, тым самым вызваліўшы свой горад ад акупантаў. Такія ж паўстанні адбыліся ў Дзісне, Себежы, у Гомелі і іншых гарадах, а 2 снежня 1661 года была вызвалена сталіца ВКЛ Вільна. Потым вайсковыя дзеянне спыніліся на 2 гады, бо большая частка войскаў не атрымлівала заробак. І нягледзячы на тое, што Любамірскі супраць рэформаў дзяржаўнага ладу, узняў бунт, Масква ўжо не магла павярнуць ход ваенных дзеянняў, бо сама моцна выматалася ў гэтай вайне.
У 1667 годзе паміж Рэччу Паспалітай і Расіяй быў падпісаны Андрусаўскі мір. Па-за якім за Расіяй заставалася Смаленшчына, левабярэжная Украіна і Кіеў. Расіі не ўдалося ўтрымаць усе заваяваныя землі, але і Рэч Паспалітая не змагла вярнуць страчаныя тэрыторыі.
Для Беларусі гэтая вайна 1654-1667 года стала нацыянальнай трагедыяй. Большасць гарадоў, вёсак і мястэчак, было разбурана, спалена і разрабавана, а рамёствы і гандаль прыйшлі ў заняпад. Колькасць насельніцтва Беларусі скарацілася ў два разы, да 1650 г. на яе тэрыторыі пражывала, прыблізна 2.9 мільёна чалавек, а ў 1667-1673 гадах засталося 1.4 мільёна. Знерваваны няўдачамі, кароль Рэчы Паспалітай, Ян II Казімір Ваза 16 верасня 1669 года адрокся ад трона і з'ехаў у Францыю.